Argumento

Las muestras tomadas del cuerpo de Desmond Miles en los momentos después de su muerte han permitido a Abstergo Industries para seguir explorando sus memorias genéticas utilizando las recién descubiertas habilidades del Animus de computación en nube.

El personaje, siempre anónimo, que utiliza el jugador es contratado por Abstergo Entertainment para tamizar a través de los recuerdos de Edward Kenway, un pirata del siglo XVIII y abuelo de Ratonhnhaké:ton. Supuestamente, se trata de reunir material para un «largometraje interactivo utilizando el Animus «, pero en realidad, Abstergo y los templarios están buscando el Observatorio, una estructura de los Precursores que permite al usuario ver a través de los ojos de un sujeto cuya sangre ha sido obtenida.

Como Kenway, el jugador debe desentrañar una conspiración entre los templarios de alto rango dentro de los imperios británico, español y francés que, con el pretexto de la limpieza de la piratería en el Caribe, han utilizado sus posiciones para ubicar al Sabio -posteriormente identificado como Bartholomew Roberts- quien es el único hombre que les puede llevar al Observatorio, que tienen la intención de utilizar para espiar y chantajear a los líderes mundiales. Kenway se convierte en un jugador sin saberlo en su complot cuando mata a un Asesino canalla y asume su identidad.

Su imprudencia pone en peligro a toda la orden de los Asesinos, incitándolo a seguir al Sabio y los conspiradores de la Península de Yucatán a Príncipe y la costa africana. Mientras tanto, un grupo de piratas notorios -incluyendo Edward Thatch el famoso «Blackbeard o Barbanegra», Benjamin Hornigold y Charles Vane, entre otros- sueñan un estado en el que hombre está libre de vivir lejos del alcance de los reyes y gobernantes. Kenway es fundamental para la realización de este sueño y un país libre, la «República Pirata» se establece en la colonia de Nassau. Sin embargo, el mal gobierno, la falta de una economía y un brote de enfermedades traen la colonia peligrosamente cerca del colapso.

Mientras los fundadores se vuelven profundamente divididos respecto a todos los temas, Kenway trata de encontrar una solución, pero es demasiado tarde para evitar que los templarios se aprovechen de la situación para consolidar su control sobre el Caribe. Finalmente, Kenway y Roberts descubren la ubicación del Observatorio y recuperan el artefacto, pero Kenway es traicionado en el último momento.Tras una breve estancia en la cárcel por los delitos de piratería, Edward se escapa con la ayuda de Ah Tabai, el Maestro Asesino Maya, y decide unirse a su Orden. Persiguiendo a Roberts, Kenway recupera el artefacto y lo devuelve al Observatorio, sellándolo y es abandonado enfrentando un futuro incierto.

Con sus convicciones recién descubiertas hasta que recibe una carta informándole de la muerte de su esposa y la inminente llegada de su hija hasta ahora desconocida, Jennifer Scott. Vuelta en la actualidad, el jugador es contactado por John el administrador de tecnologías de la información de Abstrego Entertainment. John convence al jugador de que su empleador sabe más de lo que le están diciendo, y lo alienta a investigar con más detalle.John se encarga de que el jugador acceda al corazón del Animus, momento en el que Juno se materializa en una forma incorpórea, y le revela que a pesar de que era necesario abrir su templo para evitar el desastre, el mundo no estaba preparado para ella, y no puede afectarlo o poseer al personaje del jugador, según lo previsto por sus agentes.

John es desenmascarado como la forma reencarnada del Sabio e intenta asesinar al jugador para encubrir el fallido intento de resucitar a Juno, pero es asesinado por la seguridad de Abstergo antes de que pueda hacerlo.  Con el Sabio muerto, el jugador es contactado por los asesinos mientras continúan con su infiltración de Abstergo.